PyMOLインストール方法

Pymolインストール方法

まず初めにすることは
Pythonを入れること
Pythonのホームページで，2.x（今回は2.7）をダウンロードします．

使うPymolのバージョンによって変えてください．
バージョンが新しいPymolだと2.7以上しか見られなかったりします．
次にインストールするnumpyがPython2.7対応だったので2.7.9をインストールします.(以下Ver2.7で進めていきます)
32bitと64bitの壁にも注意（64bit使用のため、下のサイトにはお世話になりました）
windows用非公式バイナリ　http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/

Pythonインストール(2行)
Pythonのダウンロードが終わってPython-2.7.9.msiをクリックして自動インストール
場所はデフォルトのC直下　C:\Pythonが無難だと思います．

こっからPymolまでが長いです．
インストールが終わったら,環境変数Pathの設定をします.
PATH = $PATH;C:\Python27;C:\Python27\Scripts;
Pathを通せばコマンドプロンプトで
>python
と入力すればPythonが起動します．

次にnumpyをインストールするため、インストールお助けコマンド[easy_install]のインストール
ez_setup.pyをダウンロード．[右クリック-名前を付けてリンク先を保存]
保存場所はPython27\Scriptsがわかりやすくていいと思います

コマンドプロンプトで保存場所へ行き，以下のコマンドを実行
>python ez_setup.py
(何回かeasy_install.pyと入力して失敗したのは内緒)

次にeazy_installを使ってpipをインストール
>easy_install pip
pipを使ってnumpyをインストール
>pip install numpy
上記のコマンドでエラーが出た場合

このサイトからnumpyをダウンロードする
>pip install ダウンロード先Path/numpyファイル
無事インストールできれば終了

長かったですがPymolのインストール
またまたこのサイトからPymolをダウンロード

GUI表示はpymol_luncherを選んでダウンロードします

ダウンロードしたpymolをpipでインストールすればOK
>pip install pymol_launcer-untarakanntara.whl

そしたらPython27のなかにPyMOLフォルダができてPyMOL.exeができていると思います
それを実行すれば起動します．（ショートカット作成もしくはタスクバーピン留めをおすすめします）

おつかれさまでした
pymolやnumpyがwhlファイルでなく昔みたいにexeファイルなら簡単だったんですけどね．．．

次回はGUIの説明などしていきたいです

ではでは

Pymolをいじくる Vol.1

５月なのに暑いと思ったら，雨で冷え込み体調が安定しないねこのはです．

今年度からPymolを使った作業をすることになりまして，それについてメモしていきます．
（....いこうと思います.）

とりあえず，はじめなのでPymolについて少し
PymolとはPyhonによる分子グラフィックツール（Molecular Graphics System）です．
対応プラットフォームは　Windows,Mac,Linuxと多岐にわたり、表示だけならiPadなどでもできるみたいです．
タンパク質や核酸，その他化合物などを立体表示で見ることができるオープンソースソフトです．
（ソースコードはフリーなのですが、公式なコンパイル済みの最新バージョンは対価を求められます．非公式なら無料です）
 Protein Data BankによるPDBデータやSDFデータなどの空間座標を読み取り，立体表示してくれます．

Pymolには多くの機能が備わっており，すべてを使いこなすことは困難なほどです．
さらにコマンドラインからも命令が実行でき，スクリプトを走らせることも可能と拡張すれば無限大なソフトとなります．
Pythonなのでちょっと書いて試すなんてことは、おちゃのこさいさいです．
（おちゃのこさいさいの由来ってなんなんでしょう？）

Pymol起動時画面は以下のようになります(バージョン1.7)

上部
コマンドライン　＆　Builder


下部
グラフィック表示　＆　いじくりアイコン










インストールに必要なものは
1，Python
2，numpy
3，Pymol
※順番も大切

インストール方法（Windowsで自分が行った方法のみ）について
次回紹介しようと思います．

ではでは

【ImageJ】RoiManagerについてメモ

最近書いていなかったので書いていたことを忘れそうな、ねこのはです。

今日はImageJのRoiManagerについて書いておこうと思います。

RoiManagerとはImageJで設定したRoiをManagement(管理)する機能です。

・・・



真面目に描きます。
内容は上記の通りなのですが
機能についてわかっている範囲でメモしていきたいと思います。

関心領域、つまり自分が特に見たい（処理したい）と囲った部分ををRoiと言いますが
一回の処理で済むならば管理することは必要ありません。

しかし、決めたRoiを比べたい、もしくは同じ画像で複数のRoiを決めたい場合に
RoiManagerが便利です。

Roiを四角でもフリーハンドでもいいので決定し、（Roiの作り方については、気が向けば書きます）
Analyze -> Toois -> RoiManagerを起動
Addボタンを押すとRoiが保管されます。（保存ではない）
ショートカットキーで「Ctrl + T」でも同様の機能が使えます。

画面上のRoiをいったん解除した後、RoiManagerに保管されたリストを選択すると
画面にRoiが反映されます。


 ↓リスト

RoiManegerのボタンの説明
Add[t]　   　　　RoiManagerのリストに選択したRoiを加える
Update　　　　　リスト中選択したRoiを変更した場合このボタンを押すと上書きされます
Delete　　 　　　リスト中選択したRoiを削除
Rename　 　　　リスト中選択したRoiの名前を変更
Measure　 　　　リスト中選択したRoiで画像の計測
Deselect　　　　選択解除
Properties...　　リスト中選択したRoiのプロパティ変更
Flatten[F]　　　「わかりません」
More >>　　　　その他のオプションがたくさん（今回使ったものは後述）


「More >>」　もしくは　リスト中で右クリックをすると
画像のようなたくさんのオプションが出てきます。

今回使ったのだけ紹介したいと思います。
Open 　　　　　　保存したRoi(Zipファイル)をリストに表示させる
                         Save              ” 選択した”（*重要）RoiをZipファイルとして保存
　　　　　　　　　　　 Fill                  選択したRoiをImageJのカラーピッカーで設定された色で満たす
　　　　　　　　　　　 Draw               選択したRoiをImageJのカラーピッカーで設定された色で線引き
　　　　　　　　　　　 Sort                リスト中の全てのRoiを名前昇順に並び替え
　　　　　　　　　　　 あとは利用方法がわかりません。

もう二週間で2014が終わります。
今年は色々・・・いろいろ、、、イロイロアッタキガシマス（‐□‐）
あと少しですが良い年になりますように。（クリスマス？何それ？おいしいの？）

ではでは

[windows][コマンドプロンプト] ファイル検索

朝が起きるのがつらいねこのはです。

今日はwindowsでファイル検索をコマンドプロンプトで行おうと思います。
実際エクスプローラでファイル検索をしてもいいのですが細かい設定がしづらく結果も見にくいので
コマンドプロンプトでディレクトリ検索、ファイル検索をしたいと思います。

考え付くのは「FIND」これはファイル内の文字列検索なので使えません。

使うのは「DIR」（小文字でも可）

とりあえず「help dir」と打つと

ディレクトリ中のファイルとサブディレクトリを一覧表示します。 　　　　DIR [ドライブ:][パス][ファイル名] [/A[[:]属性]] [/B] [/C] [/D] [/L] [/N] 　　　　　[/O[[:]ソート順]] [/P] [/Q] [/R] [/S] [/T[[:]タイムフィールド]] [/W] [/X] [/4]

オプションが多いです

ドライブ、パス、ファイル名は絶対パス、相対パスどちらでも可能です。

今回説明するオプションは /A /B /D /O /Sの5つです。
/Aは設定した属性（ディレクトリやファイルなど）のみを表示するもしくはそれ以外を表示するオプション

/AD ：ディレクトリのみ表示
/A-D ：ディレクトリ以外表示

D ディレクトリ	R　読み取り専用
H 隠しファイル	A アーカイブ
S システムファイル	I 非インデックス対象ファイル
L　再解析ポイント	- その属性以外

/Bはファイル名（ディレクトリ名）のみ表示
通常は日付や属性、サイズも表示されますが、このオプションで名前だけのすっきりした表示が出来ます。

/Dは一列表示から複数列（一覧）表示に変更します。
/Wでも同じ

/Oはファイルの並べ替えを行います。
ソート順

N 名前順 (アルファベット)	S サイズ順 (小さい方から)
E 拡張子順 (アルファベット)	D 日時順 (古い方から)
G グループ (ディレクトリから)	- 降順

そして最後に
/S　　これ重要（というか便利）
指定されたディレクトリとその中のサブディレクトリのすべてのファイルを表示します。

これは「DIR」で指定しなければ莫大な量が表示されますがファイル名など指定すれば
特定のPATHが表示されます。




すべてのオプションを使うのは難しいですが、とりあえずここらへんから使っていこうと思います。 


ではでは


[追記：2014年10月20日]

「DIR」でディレクトリ検索＋中に含まれるファイルをみることは出来ました。
さらに絞り込む場合には
「｜」パイプ処理をした「find」を使って絞り込みが出来ます。

【Linux】アクセス権限の変更

8月ですね。どうも、クーラー無き生活には戻れないねこのはです。

今回はファイルのアクセス権限で調べたのでメモします。

Linuxに限ったことではないのですが、
インストールしたときやファイルを作成した時にroot(根源：管理者)で作ると
後々、実行や変更の時にrootにならないとエラーが出たりします。
（例：Operation not permittedなど）

そこでrootからユーザーへアクセス権限を移譲するコマンドについて書いていきます。

コマンドは
chmod

Change the mode of each FILE to MODE.

英語で書いてみました。（helpに書いてたのをコピーしただけですが）

[user@localhost ~]chmod u+x [ファイル名]

これによりroot権限のファイルをuser権限で実行できるようになります。

【CentOS】コマンドを連続実行

ターミナルでコマンドを打つときに

環境変数を入れて、シェルを実行してたのですが、

setenvで環境変数を入力　実行

シェル　実行

環境変数を変えて　実行

シェル　実行

と、２行ずつ打つのが面倒だったので１行でする方法を探してたら見つけたのでメモしておきます。

応えは

セミコロン（；）でした　

コマンドA；コマンドB

これで、コマンドAを実行した後、Bが実行されます。

環境変数を削除するコマンドも入れて３つで実行していても問題ありません。

これのおかげで

エクセルで作った複数のコマンドを実行することができます。

ではでは

最初　"|"（バー）が使えるのかと思っていましたが、これは入力の結果を後ろに渡すみたいで

実行内容が違いました。

"ls  | grep ○○"　や "ls | less" など後に続けて処理する時に使います。

【Windows】バッチファイルによるCDドライブからコピー

前回（【Windows】USBやCDなどの自動再生の設定方法）
CDROMのフォルダを開くため自動再生の設定を行いましたが
あれから、フォルダを開くのすら面倒だと思い始めて調べていました。

外国から見られていることがわかったので一番アクセスの多かったこのページを
グーグル先生に訳してもらいました。
「google ｔranslation」
Cumbersome for people who are open the folder.
Introduction of how to copy the CD automatically.


まず、CDROMにある一つのテキストファイルからフォルダ名を抜き取る作業
First, the work of extracting the folder name from one text file in the CDROM.

次に、フォルダ名でディレクトリを作成
Next, create a directory in the folder name.

そして、そのフォルダにCDROMを全コピー
Then, the total copy CDROM therein.

最後に、コピーが終わればCDドライブをオープン
（↑これだけはVBS(Visual Basic Script)を使用しました）
Finally, open the CD drive After completing copy
(↑ This only was used for VBS (Visual Basic Script))

下記にソースコードを載せています。
Below I am put the source code.

詳しい説明は次回に気が向いたらします。
（ソースを読んでいただければある程度わかると思いますが）

rem テキストファイルから特定の文字の含む文字列を検出
for /f "eol=; tokens=2,3* delims=, " %%a in ('findstr "name" e:\Script\failname.txt') do set file=%%b

rem シングルコーテーションの抜き取り
set filename=%file:~1,-1%

set cd_name=E:\Directory\
rem ディレクトリ作成
MKDIR %cd_name%%filename%

rem ドライブの全コピー
XCOPY D:\ %cd_name%%filename%\ /S /E /Q /R
rem VBScript
cscript e:\Script\CD_open_D.vbs
exit

今回、背伸びをしてSyntaxHighlighterを使用してソースコードを
独立して見せる様にしてみました。
このソフトについても気が向いたら載せていこうと思います。



参考サイト
バッチファイルで文字列から必要な文字の抜出しについて
バッチ・ファイル中で日付をファイル名に使用する

VBSによるCD/DVDとレイ開閉について
IT生活向上ブログ　　CD/DVDトレイ開閉スクリプト

バッチファイルでVBSの実行方法について
バッチファイルからVBScriptを実行する。