【ImageJ】RoiManagerについてメモ

最近書いていなかったので書いていたことを忘れそうな、ねこのはです。

今日はImageJのRoiManagerについて書いておこうと思います。

RoiManagerとはImageJで設定したRoiをManagement(管理)する機能です。

・・・



真面目に描きます。
内容は上記の通りなのですが
機能についてわかっている範囲でメモしていきたいと思います。

関心領域、つまり自分が特に見たい（処理したい）と囲った部分ををRoiと言いますが
一回の処理で済むならば管理することは必要ありません。

しかし、決めたRoiを比べたい、もしくは同じ画像で複数のRoiを決めたい場合に
RoiManagerが便利です。

Roiを四角でもフリーハンドでもいいので決定し、（Roiの作り方については、気が向けば書きます）
Analyze -> Toois -> RoiManagerを起動
Addボタンを押すとRoiが保管されます。（保存ではない）
ショートカットキーで「Ctrl + T」でも同様の機能が使えます。

画面上のRoiをいったん解除した後、RoiManagerに保管されたリストを選択すると
画面にRoiが反映されます。


 ↓リスト

RoiManegerのボタンの説明
Add[t]　   　　　RoiManagerのリストに選択したRoiを加える
Update　　　　　リスト中選択したRoiを変更した場合このボタンを押すと上書きされます
Delete　　 　　　リスト中選択したRoiを削除
Rename　 　　　リスト中選択したRoiの名前を変更
Measure　 　　　リスト中選択したRoiで画像の計測
Deselect　　　　選択解除
Properties...　　リスト中選択したRoiのプロパティ変更
Flatten[F]　　　「わかりません」
More >>　　　　その他のオプションがたくさん（今回使ったものは後述）


「More >>」　もしくは　リスト中で右クリックをすると
画像のようなたくさんのオプションが出てきます。

今回使ったのだけ紹介したいと思います。
Open 　　　　　　保存したRoi(Zipファイル)をリストに表示させる
                         Save              ” 選択した”（*重要）RoiをZipファイルとして保存
　　　　　　　　　　　 Fill                  選択したRoiをImageJのカラーピッカーで設定された色で満たす
　　　　　　　　　　　 Draw               選択したRoiをImageJのカラーピッカーで設定された色で線引き
　　　　　　　　　　　 Sort                リスト中の全てのRoiを名前昇順に並び替え
　　　　　　　　　　　 あとは利用方法がわかりません。

もう二週間で2014が終わります。
今年は色々・・・いろいろ、、、イロイロアッタキガシマス（‐□‐）
あと少しですが良い年になりますように。（クリスマス？何それ？おいしいの？）

ではでは

[windows][コマンドプロンプト] ファイル検索

朝が起きるのがつらいねこのはです。

今日はwindowsでファイル検索をコマンドプロンプトで行おうと思います。
実際エクスプローラでファイル検索をしてもいいのですが細かい設定がしづらく結果も見にくいので
コマンドプロンプトでディレクトリ検索、ファイル検索をしたいと思います。

考え付くのは「FIND」これはファイル内の文字列検索なので使えません。

使うのは「DIR」（小文字でも可）

とりあえず「help dir」と打つと

ディレクトリ中のファイルとサブディレクトリを一覧表示します。 　　　　DIR [ドライブ:][パス][ファイル名] [/A[[:]属性]] [/B] [/C] [/D] [/L] [/N] 　　　　　[/O[[:]ソート順]] [/P] [/Q] [/R] [/S] [/T[[:]タイムフィールド]] [/W] [/X] [/4]

オプションが多いです

ドライブ、パス、ファイル名は絶対パス、相対パスどちらでも可能です。

今回説明するオプションは /A /B /D /O /Sの5つです。
/Aは設定した属性（ディレクトリやファイルなど）のみを表示するもしくはそれ以外を表示するオプション

/AD ：ディレクトリのみ表示
/A-D ：ディレクトリ以外表示

D ディレクトリ	R　読み取り専用
H 隠しファイル	A アーカイブ
S システムファイル	I 非インデックス対象ファイル
L　再解析ポイント	- その属性以外

/Bはファイル名（ディレクトリ名）のみ表示
通常は日付や属性、サイズも表示されますが、このオプションで名前だけのすっきりした表示が出来ます。

/Dは一列表示から複数列（一覧）表示に変更します。
/Wでも同じ

/Oはファイルの並べ替えを行います。
ソート順

N 名前順 (アルファベット)	S サイズ順 (小さい方から)
E 拡張子順 (アルファベット)	D 日時順 (古い方から)
G グループ (ディレクトリから)	- 降順

そして最後に
/S　　これ重要（というか便利）
指定されたディレクトリとその中のサブディレクトリのすべてのファイルを表示します。

これは「DIR」で指定しなければ莫大な量が表示されますがファイル名など指定すれば
特定のPATHが表示されます。




すべてのオプションを使うのは難しいですが、とりあえずここらへんから使っていこうと思います。 


ではでは


[追記：2014年10月20日]

「DIR」でディレクトリ検索＋中に含まれるファイルをみることは出来ました。
さらに絞り込む場合には
「｜」パイプ処理をした「find」を使って絞り込みが出来ます。

【Linux】アクセス権限の変更

8月ですね。どうも、クーラー無き生活には戻れないねこのはです。

今回はファイルのアクセス権限で調べたのでメモします。

Linuxに限ったことではないのですが、
インストールしたときやファイルを作成した時にroot(根源：管理者)で作ると
後々、実行や変更の時にrootにならないとエラーが出たりします。
（例：Operation not permittedなど）

そこでrootからユーザーへアクセス権限を移譲するコマンドについて書いていきます。

コマンドは
chmod

Change the mode of each FILE to MODE.

英語で書いてみました。（helpに書いてたのをコピーしただけですが）

[user@localhost ~]chmod u+x [ファイル名]

これによりroot権限のファイルをuser権限で実行できるようになります。

【CentOS】コマンドを連続実行

ターミナルでコマンドを打つときに

環境変数を入れて、シェルを実行してたのですが、

setenvで環境変数を入力　実行

シェル　実行

環境変数を変えて　実行

シェル　実行

と、２行ずつ打つのが面倒だったので１行でする方法を探してたら見つけたのでメモしておきます。

応えは

セミコロン（；）でした　

コマンドA；コマンドB

これで、コマンドAを実行した後、Bが実行されます。

環境変数を削除するコマンドも入れて３つで実行していても問題ありません。

これのおかげで

エクセルで作った複数のコマンドを実行することができます。

ではでは

最初　"|"（バー）が使えるのかと思っていましたが、これは入力の結果を後ろに渡すみたいで

実行内容が違いました。

"ls  | grep ○○"　や "ls | less" など後に続けて処理する時に使います。

【Windows】バッチファイルによるCDドライブからコピー

前回（【Windows】USBやCDなどの自動再生の設定方法）
CDROMのフォルダを開くため自動再生の設定を行いましたが
あれから、フォルダを開くのすら面倒だと思い始めて調べていました。

外国から見られていることがわかったので一番アクセスの多かったこのページを
グーグル先生に訳してもらいました。
「google ｔranslation」
Cumbersome for people who are open the folder.
Introduction of how to copy the CD automatically.


まず、CDROMにある一つのテキストファイルからフォルダ名を抜き取る作業
First, the work of extracting the folder name from one text file in the CDROM.

次に、フォルダ名でディレクトリを作成
Next, create a directory in the folder name.

そして、そのフォルダにCDROMを全コピー
Then, the total copy CDROM therein.

最後に、コピーが終わればCDドライブをオープン
（↑これだけはVBS(Visual Basic Script)を使用しました）
Finally, open the CD drive After completing copy
(↑ This only was used for VBS (Visual Basic Script))

下記にソースコードを載せています。
Below I am put the source code.

詳しい説明は次回に気が向いたらします。
（ソースを読んでいただければある程度わかると思いますが）

rem テキストファイルから特定の文字の含む文字列を検出
for /f "eol=; tokens=2,3* delims=, " %%a in ('findstr "name" e:\Script\failname.txt') do set file=%%b

rem シングルコーテーションの抜き取り
set filename=%file:~1,-1%

set cd_name=E:\Directory\
rem ディレクトリ作成
MKDIR %cd_name%%filename%

rem ドライブの全コピー
XCOPY D:\ %cd_name%%filename%\ /S /E /Q /R
rem VBScript
cscript e:\Script\CD_open_D.vbs
exit

今回、背伸びをしてSyntaxHighlighterを使用してソースコードを
独立して見せる様にしてみました。
このソフトについても気が向いたら載せていこうと思います。



参考サイト
バッチファイルで文字列から必要な文字の抜出しについて
バッチ・ファイル中で日付をファイル名に使用する

VBSによるCD/DVDとレイ開閉について
IT生活向上ブログ　　CD/DVDトレイ開閉スクリプト

バッチファイルでVBSの実行方法について
バッチファイルからVBScriptを実行する。

【Windows】USBやCDなどの自動再生の設定方法

今、CDを大量にパソコンに入れている作業をしていて
取り込み中は暇なのでブログを書いています。


で、使用しているのはWindows8なのですがCDを入れるたびに右上にドライブについて
自動再生するか、フォルダを開くか聞かれます。

フォルダ丸ごとコピーするのでフォルダを開くを初期設定にしました。

今回はその時の手順のメモになります。

Windows8.1になってからWindowsボタンが復活して作業が楽になりました。

Windowsボタンを右クリックして"コントロールパネル"を開きます。

コントロールパネルの"プログラム"を選択

"自動再生の設定の変更"を選択

ここでデバイスごとに設定ができます。

フォルダーを開いてファイルを表示（エクスプローラ）を選択して
下にある保存ボタンを押せば終了です。

CDにも種類があるので個別に設定できますが、今のCDはどれにあたるかわからなかったので
全て同じ設定にしました。



これで、CDを入れて読み込めば勝手にフォルダーが開かれます。

ではでは

【Linux】ディレクトリ作成 メモ

夏らしい天気（主に気温と雷雨）に夏バテ気味です。

今回はディレクトリ作成コマンド mkdir を多用する場面があったので

楽な方法についてのメモを書いています。

ファイル作成コマンド

mkdir

mkdir  DIR　で作成しますが

これはDIRのみの場合。

作業によっては最初からさらに深いところ（DIRの中）にディレクトリを作りたい。

そんな時に、やはりありました。オプション　-p ペアレンツ

mkdir -p DIR/neko

こんな感じに新しくDIRを作成するにも関わらずエラーを出さずにnekoまで作ってくれます。

さらに！

さらに複数のファイルを作りたい場合

中かっこ（波かっこ）　"{ }"　を使うことで複数のディレクトリも作成することができちゃいます。

つまり

mkdir -p Pet/{Dog/{kuro,siro},Cat/{tama,mike},Snake/{erizabeth,momo}}

という書き方が出来るわけです。

ここまで一気に書く必要はないかもしれませんが

初めから作りたいものが決まっている場合には、とても便利なオプションです。

ではでは

【CentOS6】 ファイル解凍メモ

いつもはWindowsなのですがCentOSも触ることになったので
今回は タイトルのとおりCentOSでの解凍について備忘録を書いておこうと思います。
ぐぐればわかりやすい優良なサイトがたくさんでてきますが、
あくまで自前のメモということで

 今回の解凍ファイルの拡張子は tgzです

 使うコマンドは
tar

使い方は簡単で
tar -xzvf  XXX.tgz


で実行した場所に解凍と展開を行ってくれます。

逆に圧縮の場合は
tar -zcvf XXX.tgz   filename1 filename2

filename1とfilename2をまとめてXXX.tgzの圧縮ファイルにします。


メモなので今回は詳しく理解していません。
拡張子によってコマンドのオプションが変わりますが今回はお見送り。


機会と気概があればこれからも続けていきます。
ではまた

[imageJ]画像解析メモ-ラインプロット

今日は画像の解析について勉強したのでメモします。

まずデータですが、Matlabでうんたらかんたらして

脳の血管が撮影された画像を取得しました。

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　画像は 124x269　で1024枚あります。

この画像から任意の血管の流速を見るためにラインを引いた部分のみのデータを

取得したいと考え調べていました。

調べた結果、Resliceで出来ることが判明しました。

場所は[Image-Stacks-Reslice[/]...]

まず

ラインを引くためのアイコンを選択して見たい血管にラインを引きます。

そして Resliceを選択して、設定はデフォルトで[ok]ボタンを押した結果が右の短冊画像になります。

（Output spacing pixels: 1.000）

(Slice count: 1)

左：血管画像（600倍）

真ん中：Brightness/Contrast

　　　　　ウィンドウ

右：Reslice画像（300倍）

 　　（コントラスト調整済み）

実行したデータそのままでは差が見えにくいので[image-Adjust-Brightness/Contrast...]のAutoで

調整しています。

画質が粗いのと、明るくしてもやっぱり見にくいのでめげそうですが、何とかいけそうです。


また、新しい発見があれば載せていきたいと思います。
ではでは

おまけ

Plot of Result　　[Image-Stacks-Plot Z-axis Plofile]

これは任意のライン上の輝度値をグラフ化してくれます。

メニューバーのラインアイコンで任意にラインを引くと、、、

ばばーん

[Live]を選択して赤くすると線を変化させるとグラフが連動します。

なにかしらに使えそうですね。　ですよね？

【コマンドプロンプト】ファイル出力

前回、コマンドプロンプトについて書きましたが

まだまだ初心者ですので、新しく
新しいことがあったので今回もコマンドについて書いていきます。

プログラムを作って、走らせるトライandエラーがし終わり
実行する際に、内容にechoが入ったり、
外部のソフトの仕様でコメントが表示されたりしていました。

これを見えないようにするかつ、内容についても残すために

ファイル出力を行います。

実行するプログラムの後ろに

実行ファイル >  出力ファイル名 

これにより、実行された時に表示される内容を出力することができます。


さらに、効果として、処理速度が格段に早くなります。
表記する処理自体がかなりの負担になっているんですね。

プログラミング外でのエラーやメッセージ（ファイルが見つかりません、など）は
コマンドプロンプトに表示されます。


出力、入力、リダイレクト、、、
まだまだ知らないことがあるのでこれからも勉強して
メモしていきたいと思います。

ではでは

【Windows】初バッチファイル

晴れたら暑くて、雨が降ると一気に気温が下がったりと服の調整が大変ですね。

今日はコマンドプロンプトで作業することがあったのでメモとして残しています。

elastixという医用画像処理用ソフトを使用することがありまして、

このソフトはコマンドプロンプトから処理を行います。

実行ファイルは.batというバッチファイルになります。

MacやLinuxでコマンドの知識は少しあったのですがWindowsではコマンドが多少異なるので使用してきませんでした。

今回、初めてバッチファイルを使用するので色々心配でしたが思っていたよりも処理が単純で

書きやすかったのが印象です。

elastixについては時間があれば、書いていけたらいいなと思いますが

今日はメモなのでelastix以外でのコマンドについて残していきます。

まず　変数　　%% or %

画像名やフォルダ名の入力を省略するために変数に代入します。

%%[変数名]　

変数名の前に"％"を付けることで変数として扱われます。

コマンド上では"％"でいいのですが、バッチファイルでは"％％"にするようです。（謎）

以下変数はバッチファイル用"％％"で書いています。

次に　for文　for %%[変数]　in (リスト) do (コマンド)

for文を使って変数に繰り返し代入をするために使用します。

for文には　for の後に　"/l" ・・・"スラッシュ+L"を入れることで

リストの部分が　（[初期値],[増分値],[終了値]）と指定することが出来ます。

for /l %%a in (8,-2,-3) do echo %%a

echoはコマンドプロンプトに表示させる命令で、上のfor文ならば

8、6、4、2、0、-2とコマンドプロント上に代入された文字が一行ずつ表示されます。

最後に テキストファイル読み込み

これが大変だと思っていましたが、なんと！for文で解決しました。

for　の後ろに "/f" と入力することでファイルリストを変数に入力してくれました。（なんていい子）

for /f "[オプション]"　%%a in (ファイルリスト) do ()

ファイルリストに書かれた一単語目ファイル名を入力すれば変数に代入されます。

"aaa bbb"ならば"aaa"のみ代入されます。

"aaa,bbb"ならば"aaa,bbb"と読み込まれます。

オプションは読み込み方法を変更します。

一行すべて読み込む場合には "delims="と入力します（ダブルコーテーション含む）

もしCSV形式などカンマで区切られているものを一つずつ読み込む場合には"delims=,"と

書けば

"aaa,bbb"　は

"aaa"

"bbb"

と別々に読み込まれます。

おまけ

実際には上のやり方で完成するはずだったのですが、実行時にポカをしてしまい。

フォルダ名を間違えて作成してしまいました。（for文で大量作成）

よって、フォルダ名を変更するコマンドを使用したので残しておきたいと思います。

move [現存フォルダ名]　[新しいフォルダ名]

"move"を使うことでフォルダの中に含まれているファイルはそのままでファイル名のみ変更出来ました。（ほっ）

気まぐれ更新になってますが、勉強したことをこれからも残していきたいと思います。

ではでは


2014/1110　追記

for文で変数がうまく展開されないことがあったので追記
遅延環境変数なるものが存在しそれをfor文外で有効にしてから変数を感嘆符（!）で囲んでます。
 setlocal enabledelayedexpansion

よく理解していないので記事には出来ませんが
ぐぐってたら上のコマンドが複数のサイトで紹介されていました。

Yahoo知恵袋のベストアンサーを参考にさせて頂きました。
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1092589030

【Matlab】数字を文字列に

【Matlab】 数字を文字列にに変換

http://www.mathworks.co.jp/jp/help/matlab/ref/num2str.html

文字列結合の strcat を使うときに数字の入った変数が混ざると認識してくれないので
数字を文字列に変換する作業が必要となったので探していたらありました。

リンク先に詳しく書いていますが
A = 10;
B = num2str(A);

A  =
         10
B =
        "10"
となります。

【Javascript】 Math.random使い方

Javascript メモ

座標をランダムに表示するために
Math.random()　を使おうと思ったのですが
プラスの値しか表示できないので、マイナスの座標を使うために
使用したのでメモを残しておきます。

Minnum = -5;//表示最小値

numrange = 10;//表示範囲「0-9」

cod = Math.floor(Math.random()*numrange) +　Minnum;

Math.floorで小数点を丸めてランダムの値を最小値からプラスして
表示させることにしました。

ソフトウェアが起動してもディスプレイから見えない時の対処

中身的には初投稿


研究に関係なく困ったことがあったので
その内容と対処法について書きます。(windows対象）

内容は、タイトル通りなんですが
プログラミングをしようとアプリ（Sublime Text2）を立ち上げたときに
下にアイコンは表示されるけど、ディスプレイに表示されなくなりました。

アイコンをクリックするとディスプレイの外で表示されているようなアニメーションになり
その後の操作が出来ませんでした。
ネットで解決策を検索していた結果、ショートカットを使えば解決できることがわかりました。

・Alt + Space

Alt + Spaceキーで画像のようなメニューがディスプレイのどこかに出ます。
（私の場合はディスプレイ左上）

ショートカットを入力したら次に　「Ｍ」キーを押します。
そうするとカーソルが十字になるのでマウスかキーボードで移動してディスプレイに表示させれば
解決です。

原因としておそらくマルチディスプレイをしているせいで、
初期表示の座標がおかしくなってしまったのかもしれません。

たとえば、ソフトウェアの中には複数のウィンドウを開くものもありますので、
もしウィンドウの表示がおかしければ試してみてください。

p.s
MATLABでSPMを起動できないエラーがあったのですが、原因はこれでした。
おそらく表示するための初期座標が正しくなかったのだと思われます。
この場合は、マルチディスプレイを解除してから、SPM起動で解決しました。
その後、再起動しても問題なく表示されるようになりました。

備忘録始めました

初めまして
始めました

ねこのはと申します。

PET画像の研究でSPMを使っています。

タイトル通り備忘録ということで
忘れやすい自分のために
覚えているときに書いていこうと思います。