PyMOLインストール方法

Pymolインストール方法

まず初めにすることは
Pythonを入れること
Pythonのホームページで，2.x（今回は2.7）をダウンロードします．

使うPymolのバージョンによって変えてください．
バージョンが新しいPymolだと2.7以上しか見られなかったりします．
次にインストールするnumpyがPython2.7対応だったので2.7.9をインストールします.(以下Ver2.7で進めていきます)
32bitと64bitの壁にも注意（64bit使用のため、下のサイトにはお世話になりました）
windows用非公式バイナリ　http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/

Pythonインストール(2行)
Pythonのダウンロードが終わってPython-2.7.9.msiをクリックして自動インストール
場所はデフォルトのC直下　C:\Pythonが無難だと思います．

こっからPymolまでが長いです．
インストールが終わったら,環境変数Pathの設定をします.
PATH = $PATH;C:\Python27;C:\Python27\Scripts;
Pathを通せばコマンドプロンプトで
>python
と入力すればPythonが起動します．

次にnumpyをインストールするため、インストールお助けコマンド[easy_install]のインストール
ez_setup.pyをダウンロード．[右クリック-名前を付けてリンク先を保存]
保存場所はPython27\Scriptsがわかりやすくていいと思います

コマンドプロンプトで保存場所へ行き，以下のコマンドを実行
>python ez_setup.py
(何回かeasy_install.pyと入力して失敗したのは内緒)

次にeazy_installを使ってpipをインストール
>easy_install pip
pipを使ってnumpyをインストール
>pip install numpy
上記のコマンドでエラーが出た場合

このサイトからnumpyをダウンロードする
>pip install ダウンロード先Path/numpyファイル
無事インストールできれば終了

長かったですがPymolのインストール
またまたこのサイトからPymolをダウンロード

GUI表示はpymol_luncherを選んでダウンロードします

ダウンロードしたpymolをpipでインストールすればOK
>pip install pymol_launcer-untarakanntara.whl

そしたらPython27のなかにPyMOLフォルダができてPyMOL.exeができていると思います
それを実行すれば起動します．（ショートカット作成もしくはタスクバーピン留めをおすすめします）

おつかれさまでした
pymolやnumpyがwhlファイルでなく昔みたいにexeファイルなら簡単だったんですけどね．．．

次回はGUIの説明などしていきたいです

ではでは

Pymolをいじくる Vol.1

５月なのに暑いと思ったら，雨で冷え込み体調が安定しないねこのはです．

今年度からPymolを使った作業をすることになりまして，それについてメモしていきます．
（....いこうと思います.）

とりあえず，はじめなのでPymolについて少し
PymolとはPyhonによる分子グラフィックツール（Molecular Graphics System）です．
対応プラットフォームは　Windows,Mac,Linuxと多岐にわたり、表示だけならiPadなどでもできるみたいです．
タンパク質や核酸，その他化合物などを立体表示で見ることができるオープンソースソフトです．
（ソースコードはフリーなのですが、公式なコンパイル済みの最新バージョンは対価を求められます．非公式なら無料です）
 Protein Data BankによるPDBデータやSDFデータなどの空間座標を読み取り，立体表示してくれます．

Pymolには多くの機能が備わっており，すべてを使いこなすことは困難なほどです．
さらにコマンドラインからも命令が実行でき，スクリプトを走らせることも可能と拡張すれば無限大なソフトとなります．
Pythonなのでちょっと書いて試すなんてことは、おちゃのこさいさいです．
（おちゃのこさいさいの由来ってなんなんでしょう？）

Pymol起動時画面は以下のようになります(バージョン1.7)

上部
コマンドライン　＆　Builder


下部
グラフィック表示　＆　いじくりアイコン










インストールに必要なものは
1，Python
2，numpy
3，Pymol
※順番も大切

インストール方法（Windowsで自分が行った方法のみ）について
次回紹介しようと思います．

ではでは