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2014年12月14日日曜日

【ImageJ】RoiManagerについてメモ

最近書いていなかったので書いていたことを忘れそうな、ねこのはです。

今日はImageJのRoiManagerについて書いておこうと思います。

RoiManagerとはImageJで設定したRoiをManagement(管理)する機能です。

・・・



真面目に描きます。
内容は上記の通りなのですが
機能についてわかっている範囲でメモしていきたいと思います。

関心領域、つまり自分が特に見たい(処理したい)と囲った部分ををRoiと言いますが
一回の処理で済むならば管理することは必要ありません。

しかし、決めたRoiを比べたい、もしくは同じ画像で複数のRoiを決めたい場合に
RoiManagerが便利です。

Roiを四角でもフリーハンドでもいいので決定し、(Roiの作り方については、気が向けば書きます)
Analyze -> Toois -> RoiManagerを起動
Addボタンを押すとRoiが保管されます。(保存ではない)
ショートカットキーで「Ctrl + T」でも同様の機能が使えます。

画面上のRoiをいったん解除した後、RoiManagerに保管されたリストを選択すると
画面にRoiが反映されます。


 ↓リスト



RoiManegerのボタンの説明
Add[t]       RoiManagerのリストに選択したRoiを加える
Update     リスト中選択したRoiを変更した場合このボタンを押すと上書きされます
Delete      リスト中選択したRoiを削除
Rename     リスト中選択したRoiの名前を変更
Measure     リスト中選択したRoiで画像の計測
Deselect    選択解除
Properties...  リスト中選択したRoiのプロパティ変更
Flatten[F]   「わかりません」
More >>    その他のオプションがたくさん(今回使ったものは後述)


「More >>」 もしくは リスト中で右クリックをすると
画像のようなたくさんのオプションが出てきます。

今回使ったのだけ紹介したいと思います。
Open       保存したRoi(Zipファイル)をリストに表示させる
                         Save              ” 選択した”(*重要)RoiをZipファイルとして保存
            Fill                  選択したRoiをImageJのカラーピッカーで設定された色で満たす
            Draw               選択したRoiをImageJのカラーピッカーで設定された色で線引き
            Sort                リスト中の全てのRoiを名前昇順に並び替え
            あとは利用方法がわかりません。

もう二週間で2014が終わります。
今年は色々・・・いろいろ、、、イロイロアッタキガシマス(‐□‐)
あと少しですが良い年になりますように。(クリスマス?何それ?おいしいの?)

ではでは




2014年7月4日金曜日

[imageJ]画像解析メモ-ラインプロット

今日は画像の解析について勉強したのでメモします。
まずデータですが、Matlabでうんたらかんたらして
脳の血管が撮影された画像を取得しました。

                    画像は 124x269 で1024枚あります。

この画像から任意の血管の流速を見るためにラインを引いた部分のみのデータを
取得したいと考え調べていました。

調べた結果、Resliceで出来ることが判明しました。


場所は[Image-Stacks-Reslice[/]...]
まず
ラインを引くためのアイコンを選択して見たい血管にラインを引きます。
そして Resliceを選択して、設定はデフォルトで[ok]ボタンを押した結果が右の短冊画像になります。
(Output spacing pixels: 1.000)
(Slice count: 1)




左:血管画像(600倍)
真ん中:Brightness/Contrast
     ウィンドウ
右:Reslice画像(300倍)
   (コントラスト調整済み)

実行したデータそのままでは差が見えにくいので[image-Adjust-Brightness/Contrast...]のAutoで
調整しています。

画質が粗いのと、明るくしてもやっぱり見にくいのでめげそうですが、何とかいけそうです。


また、新しい発見があれば載せていきたいと思います。
ではでは





おまけ
Plot of Result  [Image-Stacks-Plot Z-axis Plofile]

これは任意のライン上の輝度値をグラフ化してくれます。

メニューバーのラインアイコンで任意にラインを引くと、、、

ばばーん

[Live]を選択して赤くすると線を変化させるとグラフが連動します。



なにかしらに使えそうですね。 ですよね?