Pymolをいじくる Vol.1

５月なのに暑いと思ったら，雨で冷え込み体調が安定しないねこのはです．

今年度からPymolを使った作業をすることになりまして，それについてメモしていきます．
（....いこうと思います.）

とりあえず，はじめなのでPymolについて少し
PymolとはPyhonによる分子グラフィックツール（Molecular Graphics System）です．
対応プラットフォームは　Windows,Mac,Linuxと多岐にわたり、表示だけならiPadなどでもできるみたいです．
タンパク質や核酸，その他化合物などを立体表示で見ることができるオープンソースソフトです．
（ソースコードはフリーなのですが、公式なコンパイル済みの最新バージョンは対価を求められます．非公式なら無料です）
 Protein Data BankによるPDBデータやSDFデータなどの空間座標を読み取り，立体表示してくれます．

Pymolには多くの機能が備わっており，すべてを使いこなすことは困難なほどです．
さらにコマンドラインからも命令が実行でき，スクリプトを走らせることも可能と拡張すれば無限大なソフトとなります．
Pythonなのでちょっと書いて試すなんてことは、おちゃのこさいさいです．
（おちゃのこさいさいの由来ってなんなんでしょう？）

Pymol起動時画面は以下のようになります(バージョン1.7)

上部
コマンドライン　＆　Builder


下部
グラフィック表示　＆　いじくりアイコン










インストールに必要なものは
1，Python
2，numpy
3，Pymol
※順番も大切

インストール方法（Windowsで自分が行った方法のみ）について
次回紹介しようと思います．

ではでは